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小RNA测序-派森诺生物

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中国上海
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长期有效
最后更新:
2021-05-31 01:30:04
浏览次数:
78

产品详情

品牌名称:
提供商: 派森诺生物
小RNA测序
简介:Small RNA是一类重要的体内调节分子,长度在18-30nt之间,主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默,参与基因转录后调控,从而调节细胞生长、分化,以及个体发育、生殖等重要生物学过程。高通量测序技术可以对样本中所有small RNA家族进行测序和表达定量,从而解析miRNA、siRNA、piRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。

 

一、技术路线
 

 

推荐平台:Illumina HiSeq 2000和Illumina MiSeq

 

    对于真核生物的小RNA测序,派森诺生物利用Illumina HiSeq 2000和Illumina MiSeq两个测序平台为您提供服务。其中Illumina HiSeq 2000平台追求的是最高的通量,数据成本相对较低,但所需实验周期较长; Illumina MiSeq平台是小型化测序仪的代表,追求的是高效率,可以为您节省项目时间,但是相对成本较高。

 

 

二、信息分析
 

1、原始数据整理、过滤及质量评估

2、小RNA的注释

3、microRNA分析

    3.1 microRNA的表达量分析

    3.2 microRNA的表达量差异分析

    3.3 microRNA表达模式聚类分析

    3.4 microRNA保守性分析

    3.5 miRNA靶基因预测

    3.6 差异miRNA靶基因富集分析(针对模式生物)

    3.7 新microRNA预测

4、根据客户需求进行个性化分析

 

 

 

三、样品要求
 

1、总RNA:浓度≥200 ng/μl,总量≥3 μg;OD260/280介于1.8-2.2之间,OD260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5;并确保RNA无降解,无污染。提取总RNA时,请避免使用过柱法和LiCl沉淀法,以避免Small RNA的丢失。

2、组织样品:动物、植物、微生物总量大于500 mg的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用RNAlater和液氮速冻,保存于-80℃(保存期不超过一个月),送样时使用干冰运输(不超过72 h);提取RNA后经变性电泳,保证各RNA条带清晰、比例适中、完整性好、无降解。特别要求样品分成3份,方便后续提取,避免同一份样品反复冻融造成样品降解。

3、细胞样品:先使用TRIzol试剂进行处理,每0.25 mL样品(5-10×106个细胞)加入0.75 mL TRIzol试剂(可参考TRIzol试剂说明书),于-80℃保存,并提供2-3份该样品。原则上不接收未经TRIzol处理的细胞样品。

4、Small RNA:要求从1-10 μg的总RNA中纯化,一般不推荐客户提供。

5、样品保存期间切忌反复冻融。

6、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。

 

 

四、派森诺优势
 

★ 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。

★ 技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。

★ 拥有适合小RNA测序的Illumina HiSeq 2000和Illumina MiSeq高通量测序平台。

★ 拥有专业的生物信息团队和完整的生物信息分析服务体系,除提供标准化生物信息服务外,还可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

★ 拥有标准的、实时更新的项目进展流程,有助于合作伙伴及时了解项目进展最新情况。

 

 

>> 经典案例
  • 2013-9-4小RNA测序
 
>> 常见问题
  • 2013-9-4小RNA测序

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