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测序类服务:cDNA 文库构建/EST 测序分析技术服务

产品价格: ¥2000.00

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暂无
所在地区:
中国湖南长沙市
有效期至:
长期有效
最后更新:
2020-07-21 02:00:01
浏览次数:
18

产品详情

品牌名称:
提供商: 嘉美实验
服务名称: 测序类服务:cDNA 文库构建/EST 测序分析技术服务


实验技术简介:EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签是指随机从构建的cDNA文库中挑选克隆,并进行5'端和3'端一次性测序所获得的短cDNA部分序列,一般长度为 150~500bp。虽然EST只是完整基因的一部分,但是其序列长度已足以代表该基因,因此可以采用EST特异性地标记基因。目前,EST的数目比 GenBank中其他核苷酸序列多,所以在EST 库中更容易搜寻到新的基因,它已被广泛地应用于基因的识别。另外,由于EST 来源于特定组织在特定环境下总mRNA所构建的cDNA文库,因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。

 

实验技术原理:大规模cDNA测序为基础,即提取生物体的mRNA,进一步获得 cDNA文库,挑选其中300-500bp的部分(即EST序列)进行序列测定,然后通过 生物信息学手段得到全长的基因序列。通常EST序列位于一段cDNA的3’-端非翻译区,也可以在该cDNA中随机选取。利用EST技术克隆基因及功能分 析,使克隆和定位新基因的策略发生了巨大变革。

 

实验操作流程:
1、构建cDNA文库
2、DNA测序
3、信息处理和管理
4、基本信息分析
a.从峰图到序列的转化,去除低质量的序列和载体序列
b.序列拼接
c.EST注释
d.ORF预测及分析
e.基因注释(NR、NT数据库)
5、高级信息分析
a.功能蛋白分析
b.Interpro功能域分析
c.序列属性及其对应Unigene的分析
d.COG分析
e.Pathway分析

 

实验注意事项:
客户提供:

1、样品量:细胞样品请提供至少5×106个细胞,组织样品请提供至少100mg的组织块或切片。DNA样品请提供2μg以上的基因组DNA。
2、样品质量:DNA无明显降解,OD260/280值在1.7~1.9之间,浓度≥ 50ng/μl。
3、样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)用液氮速冻后,-80℃保存。DNA样品可溶于的超纯水或TE(PH8.0)中,-20℃短期保存或者-80℃长期保存。样品保存期间避免反复冻融。
4、样品运输:细胞或组织样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。DNA样本放离心管或者PCR板中,密封后,冰袋运输。
5、目的基因或转录因子的相关背景资料。

交付标准:
完整项目报告(材料、试剂、仪器、方法、数据分析、实验结果)


Tel:010-57425721/57425722  Fax:010-80780672   
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