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降解组测序

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中国北京
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长期有效
最后更新:
2021-04-01 01:30:02
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产品详情

品牌名称:
提供商: 艾柏森(北京)生物科技有限公司
服务名称: 基于NGS服务
降解组测序

       降解组测序,又称大规模平行末端分析,其结合了高通量测序技术与生物信息学分析的优势,对细胞或组织中由miRNA介导的降解mRNA的剪切片段进行深度测序分析,准确高效地筛选出miRNA靶基因,为研究miRNA以及其对应的靶基因的相互关系提供了有效手段。于传统miRNA靶基因筛选方法相比,降解组测序具有高通量、高准确性、高分辨率、重复性好等优势(见表)。主要原理是:在植物体内绝大多数的miRNA是利用剪切作用调控靶基因的表达,且剪切常发生在miRNA与mRNA互补区域的第十位核苷酸上。测序过程中,可以直观地发现在mRNA序列的某个位点会出现一个波峰,而该处正是候选的miRNA剪切位点。

                                            
基本流程为:

1. mRNA被miRNA剪切后,产生2 个片段, 5' 剪切片段和3' 剪切片段。其中, 5' 剪切片段包含5' 帽子结构和3' 羟基; 3' 剪切片段则包含自由的5' 单磷酸和3'polyA 尾巴
2. 以5'adapter捕获miRNA 的切割产物:5'adapter 可与5' 单磷酸RNA 连接而与含有帽子结构的5' 剪切片段或其它缺少5' 单磷酸基团的RNA 无法连接
3. oligo(dt)3'-adapter 将连接有5'-adapter 的3' 切割产物反转录成cDNA
4. 扩增cDNA 后,利用限制性内切酶Mme I 对PCR 产物进行酶切,酶切产生长度为20–21 nt 的片段
5. 将酶切后的产物与3' 双链DNA adapter 连接并进行PCR 扩增,最终产物进行凝胶纯化后,建立一个包含经miRNA 切割产生的靶基因3' 端剪切片段的文库
6. 对文库进行高通量测序以检测切割位点

网址
     
http://www.ebiofield.com/goods-174170.html

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