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蛋白质结晶服务| 提供商： | 上海吐露港生物科技有限公司 |
| 服务名称： | 16S/18S/ITS扩增子测序 |
| 规格： | 请咨询support@tolobio.com |
16S/18S/ITS扩增子测序
服务简介
扩增子测序是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区，使用Illumina MiSeq将目的区域正反向读通，通过检测目的区域的序列变异和丰度，对环境样本物种分类及丰度，种群结构，系统进化，群落比较等方面信息进行分析的研究方法。
16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”，其序列包含9个可变区（Variable region）和10个保守区（Constant region）。可变区因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定，微生态研究等方面起到重要作用。18S rDNA或ITS（Internal Transcribed Spacer）被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。ITS属于中度保守的区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。
服务优势操作简单：环境样品（微生物群落）鉴定/分析的最优解决方案，完全摆脱繁杂的菌株分离工作；
准确性高：从碱基保守水平测定，真实反映物种情况；
更加高效：与传统的研究方法相比，具有通量大、产出数据多；
方案灵活：多种测序策略可满足16S/18S/ITS不同高变区域的研究需求。
服务流程
样本要求（请使用干冰或冰袋运送）
1) 环境样本
土壤≥ 5g; 粪便≥ 2g;
2) DNA 样品
总量≥ 150ng; 浓度≥ 5ng/μl;
信息分析
1）数据处理去除低质量及含有接头（adapter）、读N碱基等的reads
产出数据及质控统计
Paired-end reads拼接为tags
去除引物序列
2）标准信息分析
2.1) 物种组成和丰度分析
OTU及其丰度分析
OTU聚类
OTU韦恩图（2≤样本数或组数≤5）
OTU PCA分析
OTU Rank曲线
物种及其丰度分析
物种注释
物种热图分析
物种系统进化分析
2.2) 样品复杂度分析
单个样品复杂度分析
Alpha多样性分析
Alpha多样性稀释曲线图
组间样本Alpha多样性指数盒形图与差异检验（组别≥2，每组样品数≥3）
样品间复杂度比较分析（n≥4）
Beta多样性分析
Beta多样性热图
Beta多样性PCoA分析
不同样品物种组成聚类分析
2.3) 样品组间显著性差异因子（物种）分析（组别≥2，每组样品数≥3）
2.4) 信息挖掘推荐
